2009年7月9日，南京大学与南京高新技术产业开发区协议共同建设“南京大学-南京生物医药研究院”。为了更好的加快科技成果产业化、促进地方经济的发展，支撑地方生物医药领域的科技创新，南京大学将模式动物研究所的高科技人才、8000平米物理空间，及国家遗传工程小鼠资源库和开发平台的大型仪器设备 向研究院开放共享，全力支持南京市生物医药产业的发展。

研究院依托“国家遗传工程小鼠资源库”小鼠疾病模型资源平台，瞄准世界常见疾病方向（肿瘤、心血管疾病、糖尿病等代谢疾病），目标成为国际一流的疾病模型研发机构；通过科技支撑服务和人员培训，直接产生经济回报；引进生物医药领域的杰出人才，帮助企业培训高层次人才，为园区的招商引资建立了人脉基础；利用自身在疾病模型构建方面的优势，结合科研团队强大的基础研究的能力，致力于拥有自主知识产权的新药靶发现；建成国际一流、国内领先的药效平台、建立包括公用服务检测、创新药物孵化及创新技术研发服务技术平台，为南京生物医药产业提供完备的科技支撑体系，营造了全新的招商引资环境、促进南京生物医药产业的科 技转型。