门诊西药房承担着每天平均近2000张门诊处方的药品供应调剂工作。微机HIS系统使药房与收费处及医生工作站实行全面联网，一卡通系统流程方便了病人终端付费， 电子处方直接传到药房后台，药师立即进行调配，改变了过去繁琐的手工操作模式，大大缩短了病人取药等候时间。
中心药房负责住院患儿的药品调剂工作，配合临床科室送药到病区，减轻了临床医护人员的工作量，减少了药品发放的中间环节，保证了药品的供应，使护士有更多的时间和精力进行护理工作，提高了工作效率。
昆明市儿童医院药剂科
静脉药物集中调配中心主要负责门诊患儿静脉药物的配制，包括肠道外全静脉营养液、儿童肿瘤药物和细胞毒性药物的配制。中心应用生物洁净技术和药学专业技术，使药物在无污染的环境中配制，有效防止了细菌和微粒的污染，提高了输液的安全性。药师参与药物配制与审核，大大提高了用药的合理性。
制剂室承担了医院自制制剂的生产和供应工作，制剂生产严格按照GMP规范要求，一些院内儿童专科制剂深受患者好评。
中西大药房以销售非处方药和中药单味免煎配方颗粒及眼科专科用药为主，以方便患儿家长购药，并向购药群众提供科学、合理、客观、可靠的用药指导和咨询服务。
药库建立了完善而有效的药品采购、供应流程，按照相关要求，实行网上集中采购药品，保证全院临床用药的供应，对药品进行分类储存和在库管理。
临床药学室加强合理用药知识的宣传和服务，定期编辑出版《药讯》，药师深入临床，向科室宣传临床合理用药知识，及时反馈临床对药学服务的需求，搞好药物不良反应监察并及时上报，提供各类药物咨询服务。
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