核磁共振是检查全身软组织病变、骨与关节、胸部病变、盆腔脏器、腹部器官、神经系统病变和心血管系统。

对于全身软组织病变无论来源于全身神经、毛细血管、淋巴血管、全身肌肉、结缔组织的肿瘤、病毒感染、变性等，核磁共振皆可做出较为准确的定位和定性的诊断。核磁共振可以检查胸部病变里纵隔内的瘤肿、淋巴结以及胸膜病变等，可以显示肺内团块与气管和血管的关系等。相对于骨与关节核磁共振可对骨内感染、肿瘤、外伤的诊断，尤其对一些细微的改变如骨挫伤等有较准确的诊断，关节内小软骨、韧带、滑膜囊、滑液囊等病变及骨髓病况变化有较高诊断价值。核磁共振可以检查盆腔脏器里的子宫肿瘤、子宫中的小肿瘤、卵巢肿瘤，盆腔内包块的定性定位，直肠、前列腺和膀胱的肿物等。腹部器官里的肝癌、肝血管瘤及肝囊肿核磁共振也能做出诊断与鉴别诊断，也可以对腹内肿块做出诊断与鉴别诊断，尤其是腹膜后的病变。

核磁共振对心血管系统的检测可用于心脏病、心肌病、心包肿瘤、心包积液以及附壁血栓、内膜片的剥离等的诊断。神经系统病变例如脑梗塞、脑肿瘤、炎症、变性病、先天畸形、外伤等，为应用最早的人体系统，目前积累了丰富的经验，核磁共振对病变的定位、定性诊断较为准确、及时，可发现早期病变。

核磁共振检查是临床诊断的一项辅助检查，是医生用来进一步确诊疾病的方法。报告单基本上都是用专业术语来描述患者的状态，这类术语一般患者看不懂。患者看报告单只有一个目的，就是想知道自己得的是什么病，病的根源在什么地方。对于患者来说最重要的是诊断结果。一般核磁共振报告单是医生用来诊断的依据，而患者只是想知道它的结果。