1988年为适应浦东改革开放经济形势，在浦东南浦大桥侧建设上海黄山制药厂浦东分厂，按照GMP标准进行改扩建，选用先进的新型设备，工艺合理布局，在全封闭的10万级净化控制区内生产，片剂生产能力达到2.5亿片/年，胶囊0.8亿粒/年，当时属国内先进水平。经营范围扩大到中西成药,半成品加工,日用化妆品,药用化妆品。
2000年浦东分厂进行改制更名为上海玉丹药业有限公司，全厂大力进行革新，完成了与国际先进技术水平和管理模式接轨的历史任务，已成为初具规模的国际型企业。2003年在上海市政府的大力扶持下，上海玉丹药业正式启动新一轮的发展规划，选址上海市松江区投资建设更大规模的生产基地，这标志着药业发展的再一次飞跃。现在的上海玉丹药业有限公司，以国际大舞台为背景，以中药现代化为己任，在欧美先进的管理模式下，汇集了众多海内外药学、医学博士，拥有一流的生产车间，采用现代化全自动化生产设备，引进国际标准资源管理系统（ERP）和客户服务管理系统（CRM），不断开拓进取，使上海玉丹药业公司在科研和开发领域具国际领先水平。
历经沧桑、从一家在特定历史时期象征着艰苦奋斗的小厂，经过几十年的发展，成为今天规模宏大，集综合性、科技型、国际化于一身的新企业，玉丹药业的发展几乎是我国医药企业发展的缩影，她所代表的先进（技术）生产力，先进（企业）文化，反映了新的历史时期的发展方向，玉丹药业必将与时俱进，更好地为人类健康服务。
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