为响应周恩来总理要加强对慢支炎及肺心病防治的号召，广州医学院第一附属医院于1971年成立了慢支炎防治小组，其研究成果曾获得1978年的全国科学大会一等奖。1979年，在慢支炎防治小组基础上成立广州呼吸疾病研究所，1994年广州呼吸疾病研究所实验室成为广东省重点实验室，2004年呼吸内科学成为国家重点学科。广州呼吸疾病研究所集科研、教学和医疗于一体，在呼吸系统疾病（特别是重大突发呼吸道传染病、支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病以及肺癌等领域）的发病机理研究、临床诊断研究以及治疗干预等领域处于国内先进水平，并成为培养我国呼吸疾病防治人才的重要平台。

2003年全球爆发的SARS感染及流行使呼吸疾病成为人们关注的焦点，为适应呼吸疾病研究的发展趋势和更好地服务于国家需求，在钟南山院士的倡议下，经广东省科技厅批准，广州呼吸疾病研究所实验室于2005年与中国科学院广州生物医药与健康研究院的部分科室组成广州呼吸疾病联合实验室（粤科函财字《2005》793号文），并于2006年底向科技部提出了建设呼吸疾病国家重点实验室的申请，旨在促进呼吸疾病的基础与临床有机结合，加强该领域的发病机制与防治研究。2007年9月科技部组织专家对呼吸疾病国家重点实验室建设计划进行了可行性论证，同年10月正式发文批准实验室的建设计划。通过近3年的建设，于2010年6月科技部验收通过了实验室的建设论证，广州呼吸疾病联合实验室正式成为国家重点实验室。