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RNA测序

分类:其他类别 发布时间:2016-11-18 15:05 所在地:
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概念和原理

RNA-seq即转录组测序技术,就是把mRNA、smallRNA和non-coding RNA或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来,反映出它们的表达水平。首先,我们获得细胞总RNA,然后根据实验需要,比如是需要测mRNA、non-coding RNA还是sma¨RNA等,对RNA样品进行处理。处理好的RNA冉进行片段化,然后反转录形成cDHiA,获得cDNA文库,然后在cDNA片段的两端接上接头,*用新一代高通量测序仪进行测序。

科研和临床应用

l 丰富基因注释的很多方面内容,包括*’/*‘边界鉴定、UTRs区域鉴定以及新的转录区域鉴定等。RNA-Seq还可对可变剪接进行定量研究。

l 发现新基因,无需背景信息。

l 转录本变异研究,如融合基因鉴定、编码序列多态性研究等。

l 非编码区域功能研究,如发现和分析non-coding RlxIA在表观遗传、转录及转录后等多个层面调控基因表达。

l 基因表达水平研究,准确地确定细胞中RNA的表达水平。

标本采集、保存、运输

l 对于RNA样品,如需长途运输,可往检测合格的RlxIA溶液加入*/*0体积的*MNaAe pH*.2,混匀后再加2倍体积无水乙醇,混匀,编号密葑(注意切匆乙醇泄漏),冷冻运输。

l 对于组织样品,采样后立即用液氮速冻,保存于-80℃,冷冻运输;提取RNA后经变性电泳,保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。

l 对于细胞样品,先使用TRIzol试剂进行处理(可参考TRIzol试剂说明书),每份样品≥*X* 06个细胞,于-800c保存,需提供*-2份备份样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。

l 样品保存期间切忌反复冻融。

客户须知

细胞(需提供*-2份备份样品,每份样品≥*X*06个细胞)、组织(≥2g)、RNA(浓度≥2*0 ngml,总量≥*0 Ug, OD260/280介于*.8-2.2之间,OD260/2*0值应≥2 0,28S/*8S> *.*; R|N≥8.0,并确保RIxIA无降解,无污染;或提供浓度≥*0 ng/乩总量≥*岫的mRNA。同时,。提供质量检测相关数据和图片)。

报告形式

l 原始数据报告(Fasta-Q格式):包含所有测序序列的序列信息,碱基读取质量评估;

l 基本数据分析报告(Excel表格):包含有效序列的序列信息,与参考基因组比对后的注释信息等;

l *数据分析(应客户要求定制):如基因覆盖率和测序深度分析,基因表达差异分析,基因结构分析,鉴定选择性剪切现象,发现新县因,鉴定基因融台现象等。


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